1、 密码学及应用实验室
密码学及应用是网络空间安全学科的重要理论及技术基础。密码学方向主要包括：计算复杂性理论、对称密码体制、非对称密码体制、杂凑函数、密钥管理、密码协议；密码学应用方向主要包括：认证技术、区块链技术，以及密码技术在各类信息系统中，尤其是在空天地一体化网络中的应用等。
2、 系统安全实验室
系统安全综合应用各种安全技术来保证网络空间中系统的安全和可信。该学科发展方向包括：可信计算、操作系统安全、数据库安全、移动操作系统安全、工控系统安全、系统安全测评、信息安全工程、软件安全、硬件系统与芯片安全等。
3、 网络安全实验室
网络安全保证网络自身的安全和信息传输的安全。学科发展方向包括：网络安全体系结构、空天信息网络安全、工业互联网安全、物联网安全、无线网络安全、网络攻防、协议分析、IPv6网络安全等。
4、 内容安全实验室
内容安全针对信息获取、传播、处理、分析和预测等环节涉及安全的相关技术开展研究。学科发展方向包括：数字内容安全、视频图像分析、敏感内容检测、网络舆情分析、情报分析等。
5、 应用安全实验室
应用安全保障应用程序使用过程和结果的安全。该学科发展方向包括：软件漏洞挖掘、Web安全、移动应用安全、云安全、大数据安全。
6、 网络空间安全治理实验室
网络空间安全治理是网络空间安全的重要组成部分。该学科发展方向包括：网络空间安全立法、网络信息安全事件应急处理、网络安全治理与战略规划。
